サイトのコンテンツが互いに関連性がなくても、ネガティブな影響がでることはないので全く問題ありません。数を稼ぐことができますし、それぞれ自分で管理している以上はアンカーテキス トもコントロール可能ですので、検索上位にあげたいキーワード でリンクを張ります。
もし、 1つのドメイン下において多岐にわたるコンテンツを持っ ているのであれば、それをジャンルごとにサブドメインで分割し た上で、互いにリンクを張り合うことで外部リンクを稼ぐことも できます。
検索エンジンは、サブドメインが異なる場合でも、外部からのリンクとみなすので、 SEO対策の観点からいえば効果はあります。
ただし、これを悪用してサブドメインを数千、数万単位で作成 し、それを互いにリンクさせるといった手法が横行したため、サブドメイン下 のサイトからのリンクは、全くドメインが異なるサイトから程度には評価されません。SEO対策の観点からのみドメインを考えないことです。